Nació el 31 de enero de 1908 en el Campo de la Cruz (de la familia Segoburo, sus tíos abuelos vascos). Era una antigua posta rural, equidistante del pueblo de Colón y del pueblo de Pergamino, al norte de la provincia de Buenos Aires. Su padre mestizo de origen quechua, era oriundo de Monte Redondo, en la provincia argentina de Santiago del Estero, y su madre, de apellido Aramburu, era criolla de padres vascos.
Su infancia transcurrió en Agustín Roca (partido de Junín), donde su padre trabajaba en el ferrocarril como telegrafista y se dedicaba también a la doma de caballos. Inicialmente estudió violín con el padre Rosáenz, el cura del pueblo. Más tarde aprendió a tocar la guitarra en la ciudad de Junín con el concertista Bautista Almirón, quien sería su único maestro. Inicialmente vivió en Junín en la casa de Almirón; posteriormente regresó al pueblo de Roca y viajaba 16 km a caballo para tomar las lecciones en la ciudad. Con Almirón, Roberto Chavero descubrió la música de Sor, Albéniz, Granados y Tárrega, y también las transcripciones para guitarra de obras de Schubert, Liszt, Beethoven, Bach y Schumann.
En 1992, Yupanqui volvió a Francia para actuar en la ciudad de Nîmes, donde se indispuso y falleció el 23 de mayo de 1992. Por su expreso deseo, sus restos fueron repatriados y descansan en Cerro Colorado.
