Es el mayor centro de educación superior de la provincia de Mendoza, fue creada para ofrecer servicios educativos en la región de Cuyo, que comprende las provincias de Mendoza, San Juan y San Luis.
Ese enlace regional se mantuvo hasta 1973, año en que cada provincia constituyó su propia Universidad (la Universidad Nacional de San Juan y la Universidad Nacional de San Luis respectivamente), quedando la Universidad Nacional de Cuyo exclusivamente para Mendoza y el Instituto Balseiro.
